Істотні зміни відбулися в організації процесу пасажирського руху, яка з точки зору обсягу учасників переходу та встановлених правил митного контролю не відповідала вимогам диференціації при здійсненні митного догляду громадян країн Шенгенського договору й громадян третіх країн. Як повідомила інформаційній агенції TASR представниця відділу преси Міністерства внутрішніх справ Словаччини Владіміра Гребенякова, у минулому для контролю на прикордонному переході "Вішнє Нємецке"- "Ужгород" працювали в обох напрямках лише по дві автодорожні смуги.
Нині автодорожний перехід у Вішньому Нємецкому розподілений на п'ять проїзних смуг зі словацького боку й стільки ж - з українського. Перша із них призначена для автобусів усіх країн, друга - для автомобілів зарубіжних дипломатів. Автомобілям з країн-членів Євросоюзу підпорядкована третя проїзна смуга. Четверта є універсальною, тобто для автотранспортних засобів країн Євросоюзу та всіх інших. Призначення п'ятої смуги - приймати автомобілі країн-нечленів Євросоюзу. Крім усього, метою модернізації було й скорочення тривалості перебування на прикордонному переході.
Перехід у Вішньому Нємецкому після реконструкції був заново відкритий 6 червня 2007 року. На її здійснення із Шенгенського фонду було виділено загалом понад 803 тис. 378 євро, ще 152 тис. євро використано для цього у рамках співфінансування Митної служби Словацької Республіки.
Перед вступом до Шенгену Словаччинна повинна була забезпечити надійну охорону зовнішнього кордону Євросоюзу на його словацько-українській ділянці протяжністю майже 100 км. До системи охорони держкордону входить охорона зеленого кордону Словацької Республіки з Україною, автомобільних переходів "Убля", "Вішнє Нємецке", "Велкі Селменце", а також залізничних переходів "Чієрна-над-Тісоу" та "Матьовце Войковце".